根据上述办法,国家发改委将负责核准大陆企业(包括央企和地方企业)赴台湾地区投资项目的申请,商务部则负责核准大陆企业(包括央企和地方企业)赴台湾地区投资设立企业或非企业法人的申请。
两部门在核准时,须同时征求国台办意见。在征得国务院台办同意后,商务部按照《境外投资管理办法》(商务部令2009年第5号)进行核准,并颁发《企业境外投资证书》或《企业境外机构证书》。大陆企业凭相关部门的投资项目和企业设立(含机构)核准文件,办理相关人员赴台审批、外汇登记等相关手续。在当地注册后,大陆企业应于15个工作日内将有关注册文件报国家发改委、商务部和国台办备案。